S
- (Oña) Shiril
- (Cantón Nabón) Saliente
- (Cantón Nabón) Santiago
- (Cantón Nabón) Suche
- (Cantón Gualaceo) Shordán
- (Oña) Shilla
- (Cantón Cuenca) Suya Grande
- (Cantón Cuenca) Susua
- (Cantón Girón) Sundillano
- (Cantón Gualaceo) Sumblid
- (Cantón Nabón) Suma
- (Cantón Santa Isabel) Sulupalli Chico
- (Cantón Santa Isabel) Sulupalli
- (Cantón Cuenca) Sulag Puglo
- (Cantón Cuenca) Sulag Pamba
- (Cantón Girón) Sula
- (Cantón Sigsig) Subida de Chalacas
- (Cantón Sigsig) Sordeleg
- (Chordeleg) Soransol
- (Cantón Cuenca) Soldados
- (Cantón Sigsig) Sipta
- (Cantón Cuenca) Sinincay
- (Cantón Girón) Sinchay
- (Cantón Cuenca) Símbalo
- (Cantón Santa Isabel) Siguenza
- (Cantón Sigsig) Sigsillano
- (Cantón Sigsig) Sigsig
- (Cantón Cuenca) Sidcay
- (Cantón Paute) Shulichum
- (Cantón Paute) Shucos