- Remigny
- Remilly-en-Montagne
- Remilly-sur-Tille
- Renaucourt
- Renève
- Rennes-sur-Loue
- Reppe
- Reugney
- Reulle-Vergy
- Revigny
- Riel-les-Eaux
- Rigney
- Rignosot
- Rignovelle
- Rigny
- Rigny-sur-Arroux
- Rillans
- Rioz
- Rix
- Roche-et-Raucourt
- Roche-lès-Clerval
- Roche-sur-Linotte-et-Sorans-les-Cordiers
- Rochefort-sur-Nenon
- Rochejean
- Roches-lès-Blamont
- Roffey
- Rogna
- Rognon
- Roilly
- Romagny-sous-Rougemont