S
- (Datem del Marañón) Sargento Puño
- (Provincia de Maynas) Shahuinto-Cocha
- (Mariscal Ramon Castilla) Shiringueros
- (Provincia de Maynas) Sibuenes
- (Datem del Marañón) Sinchiyacu
- (Provincia de Loreto) Solimán
- (Provincia de Maynas) Sucusari
- (Provincia de Requena) Sungaro
- (Provincia de Maynas) Supe
- (Datem del Marañón) San Pedro
- (Datem del Marañón) Santa Belem
- (Datem del Marañón) Santa Bárbara
- (Datem del Marañón) San José
- (Provincia de Alto Amazonas) San Vicente
- (Provincia de Alto Amazonas) San Lorenzo
- (Provincia de Alto Amazonas) Santa Rosa
- (Provincia de Loreto) Shiviyacu
- (Provincia de Ucayali) San Ramón
- (Provincia de Ucayali) Sucre
- (Provincia de Loreto) Santa Elena
- (Provincia de Loreto) Sargento Lores
- (Provincia de Loreto) Santa Rosa
- (Provincia de Requena) San José
- (Provincia de Requena) Soledad
- (Provincia de Requena) San Pedro
- (Provincia de Requena) Santa María
- (Provincia de Requena) Sociedad
- (Provincia de Maynas) San Luis
- (Provincia de Maynas) Santo Toribio
- (Provincia de Requena) Salvarri